凤凰资讯：2024年今晚澳门开奖结果-黄瓜基因组与多组学数据库发布

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【标题】首个近完整黄瓜参考基因组及多组学综合数据库发布【正文】近日，科研人员成功发布了首个近完整的黄瓜参考基因组及多组学综合数据库。这一成果将为黄瓜的基因组研究和育种提供重要支撑。黄瓜是一种重要的蔬菜作物，具有丰富的营养价值和广泛的应用。然而，由于黄瓜基因组的复杂性，长期以来缺乏高质量的参考基因组。此次发布的黄瓜参考基因组，覆盖度高达98.1%，为黄瓜基因组研究提供了重要基础。此外，研究人员还构建了一个多组学综合数据库，整合了转录组、代谢组、蛋白组等多种数据。这一数据库不仅为黄瓜基因功能和调控机制的研究提供了丰富的信息，也为黄瓜的育种提供了重要参考。该成果的发布，标志着黄瓜基因组研究迈入了一个新的阶段。通过这一参考基因组和多组学数据库，科研人员可以更深入地了解黄瓜的基因组结构和功能，为黄瓜的育种和改良提供有力支持。未来，研究人员将继续优化和完善这一参考基因组和数据库，以满足黄瓜基因组研究和育种的需求。同时，也将加强与其他作物基因组研究的交流和合作，共同推动植物基因组学的发展。总之，首个近完整黄瓜参考基因组及多组学综合数据库的发布，为黄瓜基因组研究和育种提供了重要支撑，将对黄瓜产业的发展产生深远影响。

参考以下文章来源:

近日，中国农业科学院蔬菜花卉研究所葫芦科蔬菜遗传育种创新团队在黄瓜基因组学方面取得重要进展，首次完成接近完整的黄瓜参考基因组组装和基因注释，搭建了第一个黄瓜多组学综合数据库。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》（IF5 year = 21.4）上。

黄瓜（Cucumis sativus L.）是葫芦科（Cucurbitaceae）的重要经济蔬菜作物。黄瓜基因组中有近30 %的区域是由45s rDNA和微卫星等复杂重复序列组成的，这个比例远高于水稻、玉米和西瓜等作物（< 5%），并且受当时测序技术及组装方法的限制，目前广泛使用的华北密刺型（‘ChineseLong’）黄瓜自交系‘9930’参考基因组（CLv3.0版本）仍然有大量未知序列（~130 Mb）和72个缺口；与此同时，这些重复序列也严重影响基因注释的准确度，黄瓜参考基因组质量亟待提高。

CLv4.0和CLv3.0基因组序列比较

为此，该研究首次采用ONT+HiFi+HiC的策略，获得了仅剩1个缺口的黄瓜参考基因组近完成图（CLv4.0）；基于大规模三代全长和二代转录组数据，构建了接近完整的黄瓜参考转录本数据集（CsRTD1），BUSCO值达99.19%；整合泛基因组、群体变异组、转录组以及核心种质材料信息，搭建了第一个黄瓜多组学数据库Cucumber-DB（
http://www.cucumberdb.com/），可为黄瓜功能基因组学和分子育种研究提供全面的共享平台。